Gracias por tu pregunta, la verdad que no es una pregunta sencilla de responder. Lo primero es conocer la realidad fiscal de cada territorio y lo segundo es entender si estas diferencias pueden producir diferentes desigualdades. Casos como los que citas del cupo vasco y el concierto son una de ellas, pero también lo es el IGIC en Canarias y otras diferencias que hacen que esos territorios tengan ciertas facilidades en algunos casos. 
Bajo mi punto de vista una tributación menor que es lo que consiguen todos estos hechos solo pueden producirse bajo condiciones especiales que tengan esos territorios, por tanto no veo una injusticia siempre que este debidamente justificada. Canarias por ejemplo necesita importar todos sus productos y además esta alejada de la península por tanto si me parece adecuada esa tributación especial. En el caso del Pais Vasco no veo motivos para que tengan esa tributación especial y por tanto considero personalmente que debería ir menguando con la intención de que algun día pudiera terminar. 
Aunque si hablamos de impuestos también es necesario hablar de los servicios que se ofrecen y por ello también podemos preguntarnos si es normal las tarjetas sanitarias por comunidad autonoma y que la sanidad y la educación esten gestionadas por las comunidades dando la circunstancia de que en una comunidad como Castilla-La Mancha a los interinos se les despida en verano y en otras no. 
Personalmente soy jacobino y como tal creo que la educación, sanidad, justicia, etc... deben estar centralizadas en el estado y las desigualdades territoriales y sociales se subsanaran con incrementos en la inversión e impuestos especiales (como el caso de Canarias). 
Espero que mi respuesta haya resuelto alguna duda y encantado de responderte.